1930m. mokslas baigtas ir įgytas žemės matavimo inžinieriaus diplomas. Gryžus į Lietuvą pora metų buvo dirbta matininkaujant, kol 1932m.diplomas buvo nostrifikuotas Lietuvoje. .Diplomuotų specialistų Lietuvoje tuo laikmečiu nebuvo pakankamai, tad J. Deksnys nuo1932 m. pradeda dirbti Kauno miesto savivaldybės matavimų tarnyboje ir lygiagrečiai VytautoDidžiojo universitete prof. Dirmanto vadovaujamojoje Geodezijos katedroje asistentu. Po stažuotės Jienoje 1933 m. fotogrametrijos srityje jis 1933-1935 metais dėsto šią discipliną Aukštesniojoje
kultūrtechnikos mokykloje Kėdainiuose.1932-33 m.dirbdamas geodezininku Kauno miesto savivaldybės Statybos skyriaus matavimų dalyje ,įvykdė miesto precizinę niveliaciją ,o 1936-37 metais jau vadovaudamas matavimams, vykdė miesto trianguliacijos projekto darbus.
Sovietmečiu tęsiant darbą jau tik aukštojoje mokykloje už studiją „Apgyvendintų vietų tvarkymas“ ,kuri buvo publikuota 1937 m. žurnale „Žemėtvarka ir melioracija“dviejuose numeriuose, Vytauto Didžiojo universitete jam buvo suteiktas mokslo kandidato laipsnis, o 1941 m. ir docento vardas.
Po vokiečių okupacijos nuo 1944 m.jis dirba universitete Topometrijos katedros vedėju, kol 1946 m.sujungus Topometrijos bei Geodezijos ir astronomijos katedras į vieną Geodezijos katedrą, joje dėstė iki 1956 m.ir katedrai tapus Kauno politechnikos instituto padaliniu. Dėl nutraukto geodezijos inžinierių ruošimo Kauno politechnikos institute po 24 darbo metų aukštojoje mokykloje J. Deksnys buvo atleistas. Neantraeilį vaidmenį tam turėjo ir jo neslepiami religiniai įsitikinimai.Teko įsidarbinti Respublikiniame vandens ūkio projektavimo institute, kur dirbdamas tampa vyriausiuoju geodezininku. Čia prasidėjo vandenų kartografijos darbų periodas:pradžioje atliktas upių baseinų takoskyrų ir atskirų upių vandenskyrų baseinuose detalizavimas,vėliau buvo pereita prie Lietuvos M 1: 200 000 hidrografinio žemėlapio sudarymo. Šis darbas pareikalavo turimos kartografinės medžiagos ir stambaus mastelio fotoplanų analizavimo, vandenvardžių atrankos iš įvairių šaltinių,jų įteisinimo, derinant Lietuvių kalbos institute. Bendro darbo su hidronimais rezultate Lietuvių kalbos institutas 1963 m. išleido „Lietuvių upių ir ežerų vardyną, kuris iki šiol yra norminiu.
Hidrografinio žemėlapio lapai buvo formuojami M 1:100 000 padalijimo trapecijose,tad buvo paruoštos ir šio mastelio hidrografiniai žemėlapiai-schemos, išsidėstę 24 lapuose, kurie hidronimų lokalizacijai naudojami iki šiol. Tenka apgailestauti, kad sudarytas hidrografinis žemėlapis liko tik žinybiniu, o netapo oficialiu leidiniu hidrografijai. Lyginant su „Vardynu“ jame daugiau hidronimų ir jų grafinė lokalizacija neprilygstama „Vardyno“ aprašomajai.
Hidrografiniai žemėlapiai-schemos buvo suformuoti ir administracinėse rajonų ribose, pateikiant ir kitus svarbiausius vietovės objektus.
Sulaukęs pensijinio amžiaus J.Deksnys dar 10 metų iki 1974 m. dirbo institute. Šiuo laikotarpiu nuveiktas svarbus darbas,tvarkant Lietuvos aukščių tinklą, kuris buvo fiksuotas įvairių žinybų skirtingu laikmečiu sudarytuose aukščių kataloguose. Buvo sudarytos reperių išsidėstymo schemos žemėlapio m 1:100 000 dalijimo lapuose.
J.Deksnys buvo Lietuvos istorijos, etnografijos, gamtos ir kultūros paminklų, jos gamtos tyrėjas ir mylėtojas. Per 50 metų lankydamas šios rūšies objektus, juos fiksuodavo piešiniuose, brėžiniuose, fotonuotraukose, aprašymuose ir pan. Šis pomėgis buvo pradėtas realizuoti besimokant vidurinėje mokykloje kasmetinių atostogų metu, vėliau universitete dalyvaujant prof.Kolupailos ir savarankiškuose baidarių žygiuose. Dirbant Vandens ūkio projektavimo institute J. Deksniui teko atlikti topografinių nuotraukų melioracijai techninę priežiūrą. O stambių mastelių nuotraukos buvo atliekamos visoje Lietuvos teritorijoje, tad buvo puikios galimybės tikrinti vietovardžių teisingumą bei upių ir upelių tėkmes, aplankyti retesnius objektus.
Šalia plataus interesų rato J.Deksnys tapo kolekcionieriumi, rinkdamas kartografinius leidinius ir su jais sietiną medžiagą Lietuvos teritorijai ir Kaunui. Baigęs darbą valstybinėse institucijose jis neprarado tyrinėtojo intereso ir iki mirties tęsė šį darbą savo rinkinių medžiaga paremdamas Lietuvos žemės ir istorijos žinių skleidėjus.
Iš 1976 II 14 laiško Č.Kudabai:
„Savo geodezinę, fotogrametrinę literatūrą padovanojau VISI Geodezijos katedrai. Kai ką retesnio lituanistinio perėmė Respublikinė biblioteka.Ikonografinę medžiagą(atvirukų vaizdai iš Lietuvos)paėmė Henrikas Grinevičius, prie jo surinktų kelių tūkstančių-mano koks šimtas-tik mažas papildymas. Dar turiu pasilikęs Caunianos atvirukus, esu vis dar užsiplanavęs parašyti
„Kauno miesto žemių monografiją“,bet jie tai temai,atrodo nebus reikalingi, taigi dovanosiu ir juos.Laisvalaikiu bent metus,noriu daugiau gilintis į Trakų vaivadijos Upytės pavieto feodalines valdas-susidaryti pakitėjimo vaizdą per 400 metų, nuo pirmo 1554 m. inventoriaus.
Iš 1981 II 21 laiško Č. Kudabai:
„Susidurti su atlasais teko ir man, nes Vytauto Didžiojo bibliotekoje Biržiška jų buvo nemažai surinkęs. Net ir Lelevelio Briusely kruopščiai braižytų turėjo.Paskata jais domėtis prasidėjo nuo žodžio „Chronus“,,kai ežerų ekspedicijose ant prof. S. Kolupailos sudedamos baidarės oranžiniame fone švytėdavo tas žalsvas įrašas. Antroji paskata atsirado Kauno miesto žemių monografijai medžiagą renkant.Parūpo sužinoti, kaip Kaunas vadintas seniau ir, aišku, per plačiai užsimojau, nes XV amžiumi ir kapituliavau.Tos žemių monografijos taip ir neparašiau.
Tą senienų rankiojimą dar 1946 m. norėjau tęsti, probėgšmais su Vladimirovu apžiūrėjau Lelevelio rinkinį,tačiau sąlygos tada buvo neįmanomos.
Perskaičiau straipsnį dėl Salininkų. Sprendė prof. Kolupaila kai ką per skubiai. Laikau nepatikimu aiškinimą dėl Apidėmės(Egzotiškoji Lietuva, Židinys 1933 XVIII t. 37-43 psl.).Tai esą sodybos, kur žmonės išsikėlė gyventi iš maro užkrėstų vietų.
Vietovardžių pradžią, evoliuciją sekti sunku-žinau iš tėviškės aplinkumos. Mūsų paštas buvo „Ellern“,Kuršo gubernijoj už 9 km. Mano atminime įsteigtas arčiau už 3 km.punktas“почт. ящик Поедубе” dabar įteisinta mst. tipo gyvenvietė Juodupė(19 amž. žemėlapyje Pojedupe).Jau nuo 20 amž.pradžios vietos žmonės tikrai težinojo tik Juodupę.Bet ankstėliau būta Pajuodupės ar Pajuodupio. Upelio giminę nustatyti sunkoka, nes 1499 m. dokumente įrašyta „Jodup“.
Iš 1985 I 25 laiško Č. Kudabai:
Sumanymų realizuojamų, o ir sunkiau beįvykdomų-netrūksta.Mėgėjiškos kartotekos įrašais remdamasis, buvau seniau pasidaręs pavadinimų kaitos schemą(1: 500 000) stambesnėms vietovėms-miesteliams, bažnytkaimiams, stotims. Iš Lietuvos ploto, apytikriai skaitant 700 vietovių,prisirinko arti 200, taigi daugiau kaip ¼.Praeitu žiemos sezonu lygiagrečiai pradėjau sudarinėti sąrašą. Peržiūrėjau įvairius iškraipymus:-orfografinius variantus. O jų tiek gausu kronikose ir nuoXVI amž. kartografiniuose leidiniuose. Užkliuvo vienas kitas miestas iš esmės per tūkstantmetį vardo nepakeitęs, bet įvairios rašybos(Ariogala,Kaunas...)Gaudau dar ir trečią zuikį, t. y. lietuviškuose žemėlapiuose pirmuoju dvidešimtmečiu(1900-1920) nenusistovėjusį vardyną. NuoMacijausko iki Matulionio, kol tuos reikalus tvirčiau paėmė į rankas A. Vireliūnas, ar A. Salys. Tuo būdu sąrašas ir išsiplėtė iki 40 rankraštinių lapų.